這種「公司多繳稅，交換國稅局寬大處理」的制度，即使面對國稅局的查帳，仍然存在。與前面介紹的「擴大書審標準」及「所得額標準」相較，主要有五大差異：
一、以懲罰為目的
與「擴大書審標準」及「所得額標準」的目的在篩選查帳目標、節省課稅成本不同，「同業利潤率標準」的目的在「懲罰」。雖然這個標準的名字聽起來跟懲罰一點關係都沒有，但他的本質上是透過訂定較高的利潤率來推算公司較高的獲利，以課徵較高的所得稅。
二、接受查帳時使用
「擴大書審標準」及「所得額標準」的目的在於「降低查帳機率」，因此在報稅時就要自己決定是否採用。相反的，如果已經進入查帳階段，面對國稅局要求提供資料，但公司又因為種種原因不願意或無法提供，這時候使用的就是「同業利潤率標準」了。
三、區分不同部門
同業利潤率標準的使用較為精緻，需要把公司的每個部門分開來看。假設公司有三個部門，分別從事不同行業。則「擴大書審標準」及「所得額標準」會讓公司以其中營業額最大的部門為準，統一採用這一個行業的淨利率。但同業利潤率標準不同，它要求將三個部門的營業額分別乘以三個行業不同的淨利率。
四、區分毛利率、淨利率
五、更高的淨利率
但同業利潤率標準並不是無敵...
有些人會以為，既然同業利潤率標準已經是懲罰性質，是不是意味只要願意按這個懲罰性質的標準去繳稅，就可以拒絕提供資料並高枕無憂了呢？就像如果我願意繳超速的罰單，是不是就可以把高速公路當賽車場呢？事實上不然，因為：
1. 稽徵機關可透過第三方取得資料
雖然納稅人本人拒絕提供資料，但國稅局仍可向聯徵中心、地政事務所、車輛監理單位、股務代理機構等單位取得存借款、不動產、車輛、股票等資訊。也可以進一步報經財政部核准後，要求存款銀行提供資金流向。
2. 稽徵機關可以任意解讀資料，納稅人負舉證之責
根據所得稅法第83-1條，若稽徵機關按調查結果指控納稅人逃漏稅，則納稅義務人對有利於己之事實，應負舉證之責。也就是說，如果納稅人拒絕對稽徵機關查得的資料說明，國稅局就可以自由發揮了，例如把匯入銀行帳戶的錢一律當成銷貨收入。
3. 懲罰不以同業利潤率標準為限
雖然同業利潤率標準是懲罰性質的標準，但並未規定是懲罰的上限。換句話說，如果國稅局根據查得的證據，發現逃漏稅金額高於同業利潤率標準的計算結果，仍然可以按實際查得資料進行懲罰。懲罰的結果可能遠遠超過同業利潤率標準的估計。所以，要不要使用同業利潤率標準的選擇權在稽徵機關手裡，納稅人沒有選擇的餘地。